土壤微生物是指在土壤中生活着的种类繁多的微生物，如细菌、放线菌、真菌、土壤藻类和微小动物等。土壤微生物有些对农业有益，有些却是有害的，土壤微生物是土壤中一个非常重要的组成成分，它对土壤性质、土壤肥力的形成及作物生长都有很重要的作用。
首先，在土壤的形成中，其实质是土壤重金属修复剂有机质的合成和分解，而有机质的合成和分解都有微生物的参与。废水除氟剂微生物是土壤有机质积累的先锋，同时，有机质的分解更离不开微生物的作用。由于微生物分解有机质释放养分的作用，废水除氟剂就将地壳中有限的营养元素能周而复始的利用，保证整个植物生长发育对养分无限的要求。
在培肥土壤过程中使用各种措施使土壤更适于植物生长的要求，而这些措施主要靠微生物来参加作用。脱硝剂所以通过农业措施来培肥土壤的过程，即农业土壤熟化的过程，很多方面也就是调节土壤微生物活动的过程，如耕作、施肥、灌水、排水等措施都适当地调节了微生物的生态环境，脱硝剂促进有益微生物朝着培肥地力的方向发展，提高土壤肥力。
